Prepeličie vajcia majú oproti slepačím vajciam niekoľko výhod. Vyvolávajú menej alergií, obsahujú viac vitamínov skupiny B a bielkovín. Majú však vyšší obsah cholesterolu a sú kalorickejšie ako bežné vajcia.

Prepeličie vajcia sú bezpečnejšie z hľadiska vzniku črevnej infekcie spôsobenej salmonelou.
Je to spojené s tým, že T-bunky prepelice sú vyššie ako u sliepky a škrupina prepeličích vajec má malé póry, cez ktoré nemôžu preniknúť nečistoty.